A história de Bom Jesus dos Perdões, município que teve suas origens em uma povoação de Nazaré Paulista, remonta ao período das bandeiras, quando a região servia como ponto de passagem para tropeiros que seguiam rumo a Minas Gerais. 

A região integra o ciclo das bandeiras que partiam de São Paulo com destino aos sertões brasileiros a procura de riquezas minerais, principalmente esmeraldas e outras pedras preciosas. 

A ocupação da região teve início no final do século XVII, quando famílias de colonizadores se estabeleceram para administrar terras pertencentes à capitania hereditária. Dentre elas, destacou-se a família de Matias Lopes de Lima, vinda da Ilha Terceira, nos Açores, Portugal. Ele tornou-se donatário das terras, que foram posteriormente herdadas por sua filha, Bárbara Cardoso de Almeida, prima de Fernão Dias Paes Leme. Devota fervorosa do Senhor Bom Jesus, Bárbara mandou construir, em 1701, uma capela em homenagem a sua fé, inaugurada em 22 de maio de 1705, data que hoje marca o aniversário da cidade. 

A capela é atualmente o Santuário do Senhor Bom Jesus dos Perdões. A sua construção no principio, feita em taipa, contou com o trabalho de escravizados e se estendeu por 170 anos. Localizada no alto de uma colina, na antiga rota dos Bandeirantes, a edificação foi sendo gradualmente modificada ao longo dos séculos, recebendo torres, sinos, relógio e revestimento de tijolos. Bárbara Cardoso, por sua dedicação e realizações, é reconhecida por isso, como a fundadora do município. 

O Santuário do Senhor Bom Jesus dos Perdões, um templo religioso católico, em estilo barroco mineiro, que no início do século XIX foi reformado pelos discípulos de Antônio Francisco Lisboa, o Aleijadinho.

Em 1913, a capela foi elevada a Santuário Arquiepiscopal do Senhor Bom Jesus dos Perdões. Com a criação da Diocese de Bragança Paulista em 1925 pelo Papa Pio XI, o Santuário passou a ser administrado pela nova diocese, sendo denominado "Santuário Diocesano". Na década de 1930, padres agostinianos vindos de Castela, na Espanha, assumiram a administração do local, permanecendo até o final dos anos 1950. Hoje é um centro religioso que recebe anualmente a visita de milhares de turistas e devotos vindos de todas as partes do país.

O povoado, foi elevado a categoria de Freguesia , dentro do município de Nazaré Paulista, com o nome de Perdões em 1916. Por força do Decreto-Lei nº 14.334, de 1944, o local passou a ser chamado de Ajuritiba, nome de origem Tupi-Guarani que significa "colina refúgio das aves" (Ajuri – refúgio das aves; tiba – colina),

Em 1948, o nome foi novamente alterado para Bom Jesus dos Perdões e, em 18/12/1959, Bom Jesus dos Perdões foi oficialmente reconhecido como município pela lei 5285 garantindo sua emancipação política.

Hoje, o município é parte do Circuito Turístico e Religioso Entre Serras e Águas, destacando-se por sua rica biodiversidade, incluindo cachoeiras, matas nativas e nascentes de água pura. O local também atrai praticantes de esportes como o vôo livre, devido à sua geografia privilegiada. Um dos destaques naturais é a Pedra do Coração, situada a cerca de 1.000 metros de altitude, próxima a uma cachoeira, e reconhecida como um símbolo local.

Além de seu patrimônio histórico e natural, Bom Jesus dos Perdões é reconhecido pela excelente qualidade de vida, como apontado em pesquisa realizada pela ONU, destacando-se entre as cidades do interior paulista como exemplo de bem estar e desenvolvimento sustentável.